Conocidos como "asesinos invisibles", los ninja desempeñaron un papel importante en toda la historia político-militar del Japón, particularmente durante la turbulenta época comprendida entre los siglos XIII y XIV.

Los ninja desarrollaron un conjunto de técnicas conocidas con el nombre de Nin-jutsu (mal conocido como Nin-jitsu) y también con el de arte de la invisibilidad. Su indumentaria nocturna consistía en una vestimenta de color negro o azul muy oscuro. La chaqueta era similar a la moderna del Judo y estaba provista de varias bolsas para guardar gran variedad de armas, comida, medicina, etc. Cubrían su rostro con una capucha provista de un par de agujeros para los ojos, usando sandalias para los pies. En invierno durante la estación de nevadas tenían la particularidad de vestirse totalmente de blanco. Durante el día, el ninja tenía la particularidad de ser un consumado maestro de disfraces, apareciendo tan pronto ataviado con el hábito de un sacerdote como con el atuendo de un artesano o el uniforme de un guerrero.

El origen del Nin-jutsu, al igual que otras artes marciales japonesas, parece hallarse en China, mucho antes de la era Cristiana. Los ninja eran entrenados desde niños en la realización de todo tipo de proezas físicas, técnicas de combate con o sin armas, camuflaje y envenenamientos. Se decía también que algunos de estos hombres, con el fin de guardar el anonimato de su familia, se desfiguraban el rostro mediante el procedimiento de aplicar sobre su cara carbones ardientes. Estos guerreros eran odiados, a la vez que admirados, por los Samurai, que detentaban la protección y vigilancia de los "Shogun".